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La evolución sufrida por la ciencia en las últimas décadas ha tenido un efecto directo en el ámbito probatorio del proceso y, más concretamente, en la prueba científica, que se convierte en una prueba prácticamente irrefutable y determinante en la convicción del tribunal y, por tanto, en el contenido de la sentencia. El valor de esta prueba descansa, sustancialmente, en la garantía de fiabilidad de la fuente de prueba, por eso la integridad en la cadena de custodia es factor fundamental en este tipo de pruebas y la afirmación de su rotura una de las armas más utilizadas por las defensas para desvirtuarlas.
Tras un proyecto de regulación que se incorporó al Anteproyecto de Ley de Enjuiciamiento Criminal en 2011, el vacío de regulación de la cadena de custodia ha sido la tónica dominante hasta nuestros días. No faltan recomendaciones internacionales que piden que se regule de forma expresa los actos que componen este proceso porque la falta de regulación propicia vulneraciones cuyas consecuencias jurídicas tampoco aparecen reguladas. Ante la ausencia de una normativa general, aparece una normativa reglamentaria, acuerdos marco y, en suma, una serie de instrumentos un tanto dispersos que tampoco son de obligada aplicación y que no logran crear un panorama adecuado.
Como en tantas ocasiones, la realidad va muy por delante del legislador y son los tribunales los que han de llenar las lagunas que éste deja. Nuestra jurisprudencia ha sido la encargada de ir perfilando todo el instituto de la cadena de custodia, desde el propio concepto hasta los efectos de su quebrantamiento. Lo ha hecho partiendo del carácter instrumental del mismo porque, ciertamente, estamos ante un mecanismo externo al proceso, con una finalidad puramente material: asegurar la incolumidad de los indicios ocupados. Pero aunque, efectivamente, nos hallamos ante un elemento más práctico que teórico, una figura tomada de la realidad con valor jurídico, plantea una serie de interrogantes cuando aparecen irregularidades o vulneraciones, porque su rotura puede llegar a quebrantar derechos fundamentales, especialmente el derecho de defensa y el derecho a la presunción de inocencia.